NIPT: Todo lo que necesita saber sobre el examen de clasificación prenatal no invasivo

El control prenatal consiste en el seguimiento médico, indispensable y necesario para preservar la salud de la embarazada y del bebé; su principal objetivo es identificar y tratar de manera prematura enfermedades que puedan ser perjudiciales para la salud de la madre o del niño.

En el control del primer trimestre se hace tamizaje con ecografía y biomarcadores séricos, para detectar las alteraciones cromosómicas más frecuentes en el feto durante la gestación. 

Este tipo de control se lleva a cabo principalmente para detectar aneuploidías, como por ejemplo:  

  • Trisomía del cromosoma 21: Síndrome de Down 
  • Trisomía del cromosoma 13: Síndrome de Patau 
  • Trisomía del cromosoma 18: Síndrome de Edwards 

Este tamizaje tiene una sensibilidad de entre el 85 y el 90 % para estos síndromes, con una tasa de falso positivo del 5 %. 

Los avances tecnológicos en el análisis de ADN permitieron diseñar exámenes de clasificación prenatal no invasivos (NIPT), con base en el estudio de ADN fetal libre en la sangre materna, es posible analizar diferentes condiciones cromosómicas con mayor sensibilidad y especificidad sin riesgo para la madre ni el bebé.

En este escenario, la prueba de clasificación prenatal no invasiva (NIPT) es el desarrollo más reciente en la clasificación prenatal, y se lo viene ofreciendo cada vez más en el entorno clínico para la detección no solo de las principales trisomías fetales, sino también como un análisis de todo el genoma fetal; con el propósito de detectar otras aneuploidías (alteración del número de cromosomas) fetales. El NIPT se basa en métodos como la secuenciación de nueva generación (NGS) u otras herramientas de análisis de alto rendimiento de ADN placentario libre del feto en el suero de la sangre materna. 

 

¿Qué es el examen NIPT y cómo se realiza? 

El NIPT es un examen prenatal no invasivo, utilizado en la clasificación de las principales alteraciones cromosómicas en el feto, realizado a partir de ADN fetal de células libres (cfDNA) en la circulación materna, es decir, células del feto que están presentes en la sangre de la madre.

 

  • El examen NIPT se lleva a cabo a través de la recolección de sangre periférica de la madre:

 

cfDNA (cell free DNA) se refiere al ADN que existe como pequeños fragmentos (inferior a 200 pb) en el plasma u otros fluidos corporales, que son distintos del ADN presente en el núcleo de una célula intacta, y que se liberan de todos los órganos durante una serie de procesos celulares. El cfDNA del plasma materno contiene fuentes maternas y fetales de cfDNA. La fuente de ADN fetal es el trofoblasto, mientras que la fuente predominante de ADN materno es el sistema hematopoyético. 

El NIPT para aneuploidía fetal utiliza métodos de secuenciación de nueva generación de alto rendimiento para cuantificar la representación proporcional de cada cromosoma en el cfDNA plasmático. La representación proporcional de cada cromosoma en el cfDNA plasmático refleja el tamaño del cromosoma y el cariotipo del individuo. En el caso de una mujer embarazada euploide (46,XX), un desvío del perfil cromosómico esperado en el cfDNA plasmático, debido a exceso o fragmentos de cfDNA con deficiencia de un cromosoma específico, sugiere la presencia de trisomía o monosomía fetal, respectivamente. 

 

Fracción fetal en el resultado de NIPT

Una variación significativa a nivel estadístico en el conteo de fragmentos de cfDNA para un determinado cromosoma, comúnmente definido como una puntuación z> 3, constituye un resultado de alto riesgo.

La fracción fetal (FF) es el porcentaje del cfDNA total del plasma materno que es de origen fetoplacentario. Es una evaluación tanto de los niveles de cfDNA materno como fetal en el plasma materno.

  • Entre la 10.ª y la 20.ª semanas de gestación, la FF promedio es del 10 % al 15 %. 

De esta forma, la fracción fetal es una función de factores biológicos (es decir, de los niveles de cfDNA materno y fetal en el plasma materno) y algoritmos de bioinformática, usados para interpretar los resultados de la secuenciación de ADN, y es esencial en el control de calidad de los resultados de la prueba prenatal no invasiva (NIPT). 

Es importante destacar que, si bien la FF se debe calcular de manera rutinaria, aún no existe un consenso con respecto a si se lo debe relatar de manera rutinaria en el informe.

Entre los factores que pueden influir en la fracción fetal, se incluye: el peso materno, la edad gestacional, problemas placentarios y otros factores biológicos y ambientales, además de la recolección y el almacenamiento de la muestra en condiciones no ideales.

 

¿Cómo interpretar el examen NIPT?

El examen NIPT consiste en una tamización prenatal para alteraciones cromosómicas; no obstante, no excluye la posibilidad de otras enfermedades genéticas (como enfermedades monogénicas, por ejemplo). 

Debido a que el NIPT es una prueba de tamizaje, el médico solicitante debe evaluar el resultado, dentro del contexto clínico y con otros hallazgos de laboratorio o ecográficos de la paciente. 

Los resultados positivos pueden reflejar la presencia de mosaicismos. De esta forma, el resultado se puede confirmar mediante pruebas invasivas, conforme la solicitud del médico responsable y el deseo de la paciente.

 

¿Para quién se indica el examen NIPT?

Al NIPT se lo consideró un avance en la medicina prenatal para la clasificación de alteraciones cromosómicas debido a su seguridad clínica y facilidad de uso. 

El tamizaje prenatal para alteraciones cromosómicas fetales se realiza para identificar a mujeres con mayor riesgo de tener un feto afectado. También permite que se tomen decisiones informadas con respecto a si se debe continuar con mas pruebas de diagnóstico. 

El NIPT se indica para mujeres embarazadas con por lo menos 10 semanas de gestación (10 semanas + 0 días), en las siguientes situaciones: gestaciones únicas o gemelares; gestación por fertilización in vitro (FIV); FIV con donación de gametos y en casos de gemelos reabsorbidos. 

 

¿Cuáles son las indicaciones para realizar el examen NIPT?
  • Edad materna avanzada (mayor de 35 años);
  • Padres con translocación robertsoniana balanceada, que involucra principalmente al cromosoma 21;
  • Ultrasonido anormal;
  • Sospecha de síndrome cromosómico;
  • Resultado anormal en la clasificación sérica y bioquímica;
  • Historial familiar con mayor riesgo para aneuploidías cromosómicas específicas;
  • Ansiedad materna de bajo riesgo.

 

¿Qué síndromes o enfermedades rastrea el NIPT? 

Los NIPT disponibles suelen rastrear todas las siguientes aneuploidías cromosómicas: 

  • Trisomía del cromosoma 21: Síndrome de Down; 
  • Trisomía del cromosoma 18: Síndrome de Edwards;
  • Trisomía del cromosoma 13: Síndrome de Patau;
  • Monosomía del cromosoma X: Síndrome de Turner (45,X);
  • Trisomía del cromosoma X: 47,XXX
  • Síndrome de Klinefelter: 47,XXY;
  • Síndrome de Jacobs; 47,XYY

También pueden rastrear aneuploidías en todos los demás cromosomas.

Las alteraciones cromosómicas fetales clínicamente significativas generalmente implican aumento o pérdida de material genético. Estos pueden variar de tamaño, de pequeños segmentos de cromosomas (denominados “microduplicaciones” o “microdeleciones”) a cromosomas enteros (es decir, aneuploidía).

Desequilibrios cromosómicos enteros, así como la variación del número de copia (CNVs), también se pueden detectar mediante cfDNA, que incluyen CNV de todo el genoma y síndromes de microdeleción dirigidos, como el síndrome de cri-du-chat (5p−), el síndrome de Digeorge (22q11.2), el síndrome de Prader-Willi y Angelman (15q−), el síndrome de Wolf-Hirschhorn (4p-), el síndrome de Jacobsen (11q−), el síndrome de Langer-Giedion (8q−) y 1p36. 

 

¿Cómo funciona el examen NIPT de SYNLAB? 

Las pruebas de clasificación prenatal no invasivas ofrecidas por SYNLAB se realizan mediante secuenciación de última generación Illumina®, paired-end (se producen dos lecturas para cada fragmento de ADN secuenciado) de todo el genoma a través de tecnología WGS (Whole Genome Sequencing), lo que permite medir la cantidad de ADN fetal libre (cfDNA). Como el ADN fetal es menor que el cfDNA materno, el conteo de cromosomas en los fragmentos de ADN menores mejora la sensibilidad y especificidad, inclusive en casos de baja fracción fetal, con una tasa de detección general del 99,1 % (IC 95 %: 95 – 99,9 %).

 

¿Cuáles son los tipos de prueba prenatal no invasivos de SYNLAB?

SYNLAB ofrece los siguientes NIPT:

Prueba neoBona, que detecta:

  • Síndrome de Down (trisomía del cromosoma 21).
  • Síndrome de Edwards (trisomía del cromosoma 18).
  • Síndrome de Patau (trisomía del cromosoma 13).

      – Sexo fetal (opcional)

A través de la tecnología WGS Paired-end + porcentaje de la fracción fetal. Indicado para gestaciones únicas y gemelares.

 Prueba neoBona Advanced, que detecta: 

  • Síndrome de Down (trisomía del cromosoma 21).
  • Síndrome de Edwards (trisomía del cromosoma 18).
  • Síndrome de Patau (trisomía del cromosoma 13).
  • Aneuploidías de los cromosomas sexuales X e Y. 
  • Sexo Fetal. 

A través de la tecnología WGS Paired-end + porcentaje de la fracción fetal. Indicado para gestaciones únicas.

Panel prenatal ampliado, que detecta:

  • Síndrome de Down (trisomía del cromosoma 21).
  • Síndrome de Edwards (trisomía del cromosoma 18).
  • Síndrome de Patau (trisomía del cromosoma 13).
  • Aneuploidías de los cromosomas sexuales X e Y. 
  • Sexo Fetal. 
  • Síndrome de DiGeorge. 
  • Síndrome de Angelman.
  • Síndrome de Prader-Willi
  • Síndrome de Wolf Hirschhorn
  • Síndrome de Cri-du-chat.
  • Deleción 1p36. 

A través de la tecnología WGS Paired-end + porcentaje de la fracción fetal. Indicado para gestaciones únicas.

Panel prenatal ampliado + todos los cromosomas, que detecta:

  • Síndrome de Down (trisomía del cromosoma 21).
  • Síndrome de Edwards (trisomía del cromosoma 18).
  • Síndrome de Patau (trisomía del cromosoma 13). 
  • Aneuploidías de los cromosomas sexuales X e Y. 
  • Sexo Fetal. 
  • Síndrome de DiGeorge. 
  • Síndrome de Angelman.
  • Síndrome de Prader-Willi
  • Síndrome de Wolf Hirschhorn
  • Síndrome de Cri-du-chat.
  • Deleción 1p36. 
  • Aneuploidías en todos los cromosomas. 

A través de la tecnología WGS Paired-end + porcentaje de la fracción fetal. Indicado para gestaciones únicas.

 

¿Cómo se realizan las pruebas prenatales no invasivas de SYNLAB?

Para la realización del examen solo se necesita una pequeña muestra de sangre periférica materna, en tubo específico, por medio de un kit provisto por SYNLAB, a partir de la 10.ª semana gestacional (10 semanas + 0 días); antes de esto, la fracción fetal es muy baja y hay una mayor probabilidad de error de la prueba. No existe un límite superior de edad gestacional (FF aumenta en función de la edad gestacional).

 

El examen consiste en el análisis de fragmentos de ADN fetal libre por secuenciación, con posterior cuantificación de las fracciones de ADN de los cromosomas examinados, en relación con un estándar de control; se utiliza un algoritmo de bioinformática para la liberación del resultado.

 

Los resultados compatibles con aneuploidías basados en cfDNA son una clasificación y siempre se los debe confirmar mediante una técnica de diagnóstico, como cariotipo fetal o análisis del ADN fetal (amniocentesis o biopsia de vellosidad corial), antes de cualquier otra intervención médica. En estos casos, se indica que la paciente reciba un asesoramiento genético adecuado.

 

¿Cuál es la diferencia de neoBona con respecto a las demás pruebas de clasificación prenatal no invasivas?

neoBona® es la primera prueba de clasificación basada en cfDNA paired-end, la cual emplea un algoritmo informático innovador y ofrece una doble verificación de los datos de conteo de cromosomas que genera el T-SCORE (cálculo de puntuación de trisomía única), e integra varios parámetros para arrojar resultados confiables, inclusive en casos de fracciones fetales muy bajas. De esta manera, se pueden obtener resultados en la gran mayoría de los casos (la tasa de recolección es de aproximadamente 1,5 %).  El TSCORE considera el conteo de los cromosomas, la fracción fetal, la determinación de la distribución del tamaño del fragmento y la profundidad de la secuenciación, con lo cual se cuantifica la probabilidad de trisomía fetal.

 

Asimismo, la tecnología de secuenciación WGS paired-end de neoBona permite un análisis más profundo y abarcador del cfDNA, al compararse con la tecnología convencional WGS single-end, lo que genera conteos de secuencia más eficientes y aumenta la precisión del análisis.

 

De detectarse algún riesgo para los síndromes evaluados, se ofrece una prueba de confirmación por QF-PCR gratuita para la paciente, en la cual el análisis se realiza mediante el envío de material obtenido a través de un procedimiento invasivo (amniocentesis o cordocentesis).

 

Las tasas de sensibilidad y especificidad para neoBona son:

  • Para el Síndrome de Down (T21): es del 100 % (IC del 95 %: 94,3 – 100 %) y 99,96 % (IC del 95 %: 99,9 – 100 %). 
  • Para el Síndrome de Edwards (T18): es del 97,1 % (IC del 95 %: 84,7 – 99,9 %) y 100 % (IC 95 %: 99,9 – 100 %)
  • Para el Síndrome de Patau (T13): es del 100 % (IC del 95 %: 75,3 – 100 %) y 99,98 % (IC del 95 %: 99,9 – 100 %), respectivamente.

 

La máxima especificidad de neoBona permite reducir la cantidad de falsos positivos a prácticamente cero (<0,1%), con lo cual se evita una cantidad elevada de procedimientos invasivos innecesarios, mientras su sensibilidad es superior al 99 %, lo que significa que, en la práctica, es muy similar a un examen de diagnóstico, que detecta el 100 % de los casos. 

 

En la clasificación convencional, la sensibilidad debe alcanzar el 90 %, mientras que la especificidad es del 95 % (con un índice del 5 % de falsos positivos), con lo cual, de cada 100 fetos saludables, 5 son clasificados erróneamente como positivos, y se los somete a procedimientos invasivos que ponen en peligro a la madre y al feto.

 

¿Cuál es la diferencia del NIPT con respecto a los exámenes invasivos y sus riesgos para la gestación?

El NIPT constituye un examen de clasificación, mientras que el examen de diagnóstico requiere un procedimiento invasivo, que se puede realizar entre la 11.ª y la 14.ª semanas de gestación por biopsia de vellosidades coriónicas (CVS) del tejido placentario. 

 

De manera alternativa, después de la 15.º semana de gestación, la muestra se puede obtener por amniocentesis. Ambos procedimientos presentan un pequeño riesgo de provocar aborto espontáneo. El grado de riesgo suele reportarse como del 0,5 – 1 %, aunque estudios recientes sugirieron que el verdadero riesgo relacionado con el procedimiento puede ser muy inferior.

 

Otra cuestión son las tasas de falsos positivos y falsos negativos: 

Por ejemplo, la tasa de falso positivo del NIPT para el síndrome de Down suele ser del 0,1 % (lo que significa que la prueba de cfDNA es positiva para dicha alteración, pero el feto se determina posteriormente como no afectado). En un estudio agrupado, la tasa acumulada de falsos positivos fue inferior al 0,4 %.

 

La mayoría de los falsos positivos ocurre por la presencia de un aumento de ADN específico del cromosoma 21, cuyo origen no refleja la composición cromosómica del feto en el embarazo en curso. Entre los posibles orígenes de este ADN aumentado, se incluye el mosaicismo placentario confinado (presencia de dos o más linajes de células cariotípicamente diferentes, presentes en la placenta y ausentes en el feto), un gemelo absorbido, mosaicismo materno y otras condiciones médicas maternas (presencia de trasplante de medula ósea o tejido, por ejemplo).

 

Si bien es difícil determinar la verdadera tasa de los resultados falso-negativos, estos resultados son más comunes cuando la fracción fetal es baja o cuando el mosaicismo placentario está presente. 

 

Generalmente, existen cuatro razones principales para una baja fracción fetal

  • Edad gestacional precoz: la fracción fetal es muy inferior antes de la 10.ª semana de gestación. En la 10.ª semana, la fracción fetal es de aproximadamente el 13 %; 
  • Obesidad materna: cuanto mayor sea el IMC materno, menor será la fracción fetal, posiblemente, debido a los efectos de dilución del mayor volumen plasmático materno; 
  • Aneuploidía fetal: la fracción fetal es menor en gestaciones con trisomías de los cromosomas 13 y 18, y monosomía del cromosoma X, por ejemplo; 
  • Problemas con la calidad de la muestra: la degradación de glóbulos blancos de la sangre materna aumenta la fracción de cfDNA materno y diluye la fracción de cfDNA fetal. Para evitar esta complicación, las muestras se deben recolectar y almacenar de manera adecuada para evitar la degradación del ADN.

 

Las tasas de falsos negativos para las aneuploidías que se observan más comúnmente no son suficientes para garantizar el estado de “prueba de diagnóstico”. En este caso, la prueba de diagnóstico utilizada es el cariotipo fetal.

El cariotipo fetal se puede realizar a partir de la biopsia de vellosidad coriónica (BVC) o por amniocentesis. Todos estos procedimientos de recolección para realizar el cariotipo son invasivos; no obstante, representan un riesgo menor para la gestación, ya que la amniocentesis aún se considera el estándar oro para los exámenes prenatales invasivos. 

Las condiciones que contraindican el uso del NIPT generalmente son los casos de malformaciones fetales, rastreo de las aneuploidías menos comunes, translucencia nucal igual o superior a los 3,5 mm, sospecha de triploidía fetal e infecciones congénitas, debido a un riesgo muy elevado de alteración genética, en el que ya se justifica la indicación directa del cariotipo fetal con muestra invasiva.

Se pueden dar resultados incompatibles  entre el NIPT y el cariotipo fetal invasivo debido a procesos biológicos, como la aneuploidía confinada a la placenta, un gemelo absorbido, aneuploidía materna o cáncer materno. 

Cabe destacar que el NIPT representa un importante avance en el rastreo de la aneuploidía prenatal; sin embargo, se trata de una prueba de clasificación o tamizaje , no una prueba de diagnóstico, lo cual representa un riesgo para las alteraciones cromosómicas fetales, y su confirmación se debe llevar a cabo mediante una muestra de vellosidades coriónicas o amniocentesis. Asimismo, el tamizaje genético es opcional y queda a criterio de cada paciente individual y su médico.

Además, la interpretación del NIPT siempre debe realizarla el médico solicitante, en función del historial clínico y familiar de la paciente y en conjunto con otros hallazgos de laboratorio y ecográficos.

 

Sobre el Grupo SYNLAB

El Grupo SYNLAB es líder en la prestación de servicios de diagnóstico médico en Europa, y ofrece una gama completa de servicios de análisis clínico de laboratorio a pacientes, profesionales de la salud, clínicas y la industria farmacéutica. Proveniente de la fusión de Labco con SYNLAB, el nuevo Grupo SYNLAB es el líder europeo indiscutible en servicios de laboratorio médico.

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